A publikálatlan metabarcing tanulmány az étrend tanulmányozására, a Water Sciences kötény; Területek, a

metabarcing

A veszélyeztetett fajok kezelésének és megőrzésének irányításához elengedhetetlen, hogy ismereteket szerezzünk ökológiájáról, különös tekintettel étrendjére és táplálkozási viselkedésére. A Rhône-kötény javát szolgáló nemzeti cselekvési terv részeként az Irstea és az Aix-Marseille Egyetem tudósai meghatároztak bizonyos kulcsfontosságú paramétereket a környezet befogadóképességének javítására vagy helyreállítására a trofikus erőforrások elérhetősége szempontjából. Ehhez egy nagyon innovatív megközelítést alkalmaztak, amely egyrészt metabarkódolást ötvöz a kötény étrendjének meghatározásához és számszerűsítéséhez, másrészt intenzív mintavételt végzett négy folyóból származó bentos vízi makros gerinctelenekről.

Az étrend-vizsgálatok elengedhetetlenek ahhoz, hogy megértsük a fajok közötti kölcsönhatásokat, valamint az étkezési hálók szerkezetét és dinamikáját (NIELSEN, JM, CLARE, EL, HAYDEN, B., BRETT, MT, KRATINA, P., 2017, Diet tracing in ekologia: Módszer-összehasonlítás és szelekció, Methods, in Ecology and Evolution, 9. szám, 278-291.

Az itt bemutatott tanulmány, amelyet a nemzeti étrend és élőhelyek használata című, a kötény javát szolgáló nemzeti cselekvési terv (PNA) 8. számú cselekvése keretében hajtottak végre, a köténnyel kapcsolatos ökológiai ismeretek bővítését és bizonyos tényezők azonosítását tűzte ki célul. ez korlátozhatja népességének demográfiáját.

A 8. intézkedésnek több célja is volt:

  • meghatározza a kötény trofikus plaszticitását (pl .: minden bevitt zsákmány, a zsákmány időbeli és térbeli variációja);
  • meghatározza a kötény zsákmányát és előnyös táplálkozási élőhelyeit;
  • meghatározza a kötény populációk trofikus specializációs állapotát;
  • értékelje a zsákmányközösségeket befolyásoló olyan tényezők hatását, amelyek hatással vannak a kötény táplálkozási viselkedésére (pl .: élőhelyek sokfélesége, az aljzat eltömődése stb.).

A 8. cselekvés várható eredményeit, a kötény trófea követelményeinek a zsákmány és az élőhelyek meghatározásával, az első lépésként a kötény populációk kezelését segítő eszköz felé tették.
Az elmúlt években a DNS-elemzésen alapuló új megközelítéseket fejlesztettek ki az étrend elemzésének javítása érdekében (POMPANON, F., DEAGLE, BE, SYMONDSON, WO, BROWN, DS, JARMAN, SN, TABERLET, P., 2012, Ki mit eszik: étrend-értékelés a következő generációs szekvenálással, Molecular Ecology, n ° 21, 1931-1950.

"> Pompanon et al., 2012). Ezek az új megközelítések nagy áteresztőképességű DNS-szekvenálási technikákat alkalmaznak a székletben vagy a gyomortartalomban lévő zsákmányokhoz, és metabarkódolás kifejezés alá vannak csoportosítva (TABERLET, P., COISSAC, E., POMPANON, F., BROCHMANN, C., Willerslev, E., 2012, A következő generációs biodiverzitás felmérése felé DNS metabarkódolással, Molecular Ecology, n ° 21, 2045-2050.

"> Taberlet és mtsai. 2012). Ezt a fajta megközelítést részesítették előnyben a PNA kötény 8. akciójának céljainak elérése érdekében.

Háromféle kiegészítő adatot gyűjtöttek: a potenciális zsákmány elérhetőségéről (vízi makrogerinctelenek, a kötény fő zsákmánya; CAVALLI, L., PECH, N., CHAPPAZ, R., 2003, A veszélyeztetett Zingel étrendje és növekedése asper a Durance folyóban, Journal of Fish Biology, 63. szám, 460-471.

"> Cavalli et al., 2003) a környezetben a kötény által elfogyasztott zsákmányra vonatkozó adatok és a kötény élettörténetének egyes vonásaira vonatkozó adatok. 1. ábra
A kötény diéta vizsgálatának különböző szakaszai.
"> Az 1. ábra összefoglalja az e három típusú adat mintavétele után végzett különböző lépéseket.

A kötény teljes körű vizsgálata

Ez az akció legalább egy állomást tartalmazott az összes medencéhez vagy vízválasztóhoz, ahol a kötény ma jelen van: a Durance-medencéhez, a Verdon-medencéhez, az Ardèche-medencéhez (Beaume-folyó) és a Loue-medencéhez. Annak érdekében, hogy ugyanabban a vizsgálati időszakban nagy adatkészletet szerezzünk, mindegyik vízgyűjtőhöz négy 600–1 300 m hosszú állomást határoztunk meg. Ezek az állomások a Loue-i (Jura) Port-Lesney-nél (Pln), a Beaume-on (Ardèche) található Les Platanes (Plt) nevű helyen, a Durance-on található Les Henris (Tyúk) nevű helyen (Hautes- Alpok) és a L'Estellier (Ver) nevű helytől a Verdonon (Alpes de Haute-Provence és Var) (2. ábra)
A négy vizsgálati állomás helye.
"> 2. ábra). Három állomásról vettünk mintát két évszakban (A és B kódolással) 2014 és 2015 során. A Verdon állomásról csak 2015-ben lehetett mintát venni három kampány során.

Kötények, biometrikus adatok és székletmintavétel

Gerinctelenek mintavétele és az élőhelyek jellemzése

Ezt követően a laboratóriumban etanolban 90 ° -on tartósított vízi gerincteleneket, miután áthaladtak egy szitoszlopon, amelynek az utolsó szembősége 0,5 mm, mind azonosították és megszámolták. A gerinctelenek azonosítását minden állomáson azonos rendszertani felbontással végezték. A gerinctelenek bőségét (vagy bruttó számát) ezután területi egységre csökkentik, amelyet sűrűségben kell kifejezni (egyedek száma/m²).

A széklet elemzése metabarkodással

"> lásd Corse et al., 2017a). Ez a kötény szempontjából roncsolásmentes megközelítés lehetővé tette számunkra, hogy a zsákmány (leggyakrabban a faj) nagyon finom taxonómiai azonosítását nyerjük. A molekuláris protokoll és a kezelés bioinformatikája az adatok a fejlesztés fontos szakaszát, valamint a DNS-referenciabank felépítését igényelték a kötény potenciális zsákmányához (CORSE, E., MEGLÉCZ, E., ARCHAMBAUD, G., ARDISSON, M., MARTIN, J.- F., TOUGARD, C., CHAPPAZ, R., DUBUT, V., 2017a, A padoktól az asztalokig terjedő munkafolyamat a HTS-adatok validálásához és a taxonómiai azonosításhoz az étrend metabarcoding tanulmányaiban, Molecular Ecology Resources, n ° 17, 146-159.

"> Corse et al., 2017a). Ez a bank tartalmazza a nyilvános adatbázisban rendelkezésre álló adatokat (GenBank és BOLD), de a szántóföldön gyűjtött gerinctelenekből nyert szekvenciákat is, amelyeket a laboratórium morfológiája szerint azonosítottak. Miután a módszertan elkészült kifejlesztettek, a szántóföldön 2014-ben és 2015-ben összegyűjtött széklet elemezhető volt.

Adatok áttekintése

Az összes állomásra vonatkozóan kapott adatok összességében meglehetősen jelentősek: 909 kötényt vettek le, mértek és mértek le, 513 ürüléket gyűjtöttek és 1353 gerinctelen mintát vettek. Minden kampányhoz és állomáshoz átlagosan 30 ürüléket gyűjtöttek (1. táblázat)