AG Salinas - Humángenetikai Intézet

Dr. Gabriela Salinas
Munkacsoport-vezető
[email protected]

Jacqueline Fink
Műszaki asszisztens
[email protected]

Susanne Luthin
Műszaki asszisztens
[email protected]

Fókusz

Projektek

Publikációk

Fókusz

A nagy áteresztőképességű szekvenálás (következő generációs szekvenálás, NGS) időközben szilárdan elterjedt, mint technológia, és az élettudományok minden területén számos kutatási alkalmazás elemzésére szolgál. Ez vonatkozik a klinikai kontextusra is, ahol egyszerűsíti a diagnosztikát és lehetővé teszi a személyre szabott orvosláson alapuló terápiás megközelítéseket. Ugyanakkor új technológiai, jogi és etikai kérdéseket vet fel, amelyekre választ kell találni.

Kutatócsoportunk célja megkönnyíteni a legújabb és legmodernebb NGS technológiákhoz, módszerekhez és platformokhoz való hozzáférést, valamint széleskörű bioinformatikai szakértelmünkkel támogatni együttműködési partnereinket és felhasználóinkat a megbízható kutatási eredmények elérésében.

A kutatási projektjeinkben elért eredményeket és elért eredményeket arra is felhasználjuk, hogy folyamatosan javítsuk és bővítsük az általunk kínált erőforrásokat és szolgáltatásokat a NIG keretében, a Göttingeni Egyetemi Orvosi Központ integrált genomikai NGS szolgáltatásában.

Projektek

Új scRNS-Seq platform kifejlesztése a CellenONE X1 és az ICELL8 cégtől

Az NGS-alapú technológiák a genomi, transzkripptikus és epigenomikai kérdésekben egyre inkább az egyes sejtek jellemzésére összpontosítanak. Az egysejtű szekvenálás (SCS) alkalmazásával megfejthetők a komplex heterogén sejtpopulációk és a sejttípusok közötti szabályozási kapcsolatok, és nyomon követhető a szövetben lévő specifikus sejttípusok fejlődési útja. Ezek az UMG-n belül az SFB1002 különböző projektjeiben is elengedhetetlen kérdések, amelyek azt kutatják, hogy a betegség állapota, a kezelési stratégiák és a célzott modulációk hogyan befolyásolják a szív különböző sejtpopulációit emberek betegségeiben és állatmodellekben.

Csoportunk az egysejtű NGS platformjainak fejlesztésén dolgozik az egyetlen sejtek izolálásának javítása céljából, vagyis az első és kritikus lépés. A CellenONE X1 alkalmazásával a sejtek izolálásához nagy hatékonyságú (majdnem 100% -os), nagy túlélési arányú, nagy pontosságú, nagy áteresztőképességű, jó dokumentációval és az izolált sejtek vizualizálásával történő sejtadagolást érünk el.

A nagy teljesítmény elérése érdekében a CellenONE X1 egyes sejtjeit egy 5184 lyukú Takara lemezre adagoljuk, az ICELL8 lemezre címkeindexeléssel vagy anélkül, a szükséges könyvtár létrehozásától függően (teljesen automatizált). Három különböző protokoll áll rendelkezésre az scRNS-Seq-hez: a) 3'-végalapú megközelítés, b) megközelítés teljes hosszúságú mRNS-Seq-hez és c) teljes RNS-Seq megközelítés a Takara SMART technológiájával . A rendszer lehetővé teszi a DNS-szekvenálási módszerek, valamint a Nextera-alapú könyvtárak (ATAC-Seq) megvalósítását.

Közvetlen RNS-Seq az Oxford Nanopore technológiával

A MinION szekvenszer egy hordozható, hosszú olvasmányú szekvenszer. Több frissítés után a szekvenálási pontossága meghaladja a 90% -ot, és az áramlási cellánként várható olvasások száma több százezer áramlási cellánként. Az olvasási hossz is javult, és mára eléri az N50 olvasási hosszát, amely meghaladja a 100 kb-ot. Jelenleg teszteljük a MinION alkalmazását RNS-Seq R7.3 MionION áramlási cellával és egysejtű RNS-Seq R7.3 és 9.4 áramlási cellákkal.

In situ RNS szekvenálás térinformációk megtartásával

Ez a technika egy innovatív megközelítés, amely információt nyújt az egysejtes transzkriptómákról vagy az erősen multiplexelt gén expresszióról a szövetek vagy a klinikai minták (biopsziák) elemzéséhez, szöveti disszociációs protokollok nélkül. Ez technológiai forradalmat jelent, különösen a klinikai kutatások terén.

Protokollok a létesítményben

A következő protokollok készítése folyamatban van:

A mag izolálása az egymagos RNS-Seq (SNS) számára az ICELL8 esetében
Magszigetelés egyetlen mag RNS-Seq (SNS) számára 10x genomikához
Megközelítések az egysejtű teljes RNS szekvenciához

Mély tanulási technikák a transzkriptóm és a rendszerdinamika asszociációs vizsgálatához a szöveti morfogenezisben

Ebben a kezdeményezésben az információelmélet, az elméleti idegtudomány, a transzkripptika, valamint a sejt- és fejlődésbiológia tudósai együtt dolgoznak a képalkotási és az expressziós adatok első kombinálásán, és így megértik az egyes sejtekben található génexpresszió és a sejtszámcsoportok viselkedésének összefüggéseit. A cél a dinamikus szövetrekonstrukció automatizálása nagyméretű élő képalkotó adatokból, mély tanulás alkalmazásával, az egyes sejtek valós idejű azonosításához az embrió kulcsfontosságú pontjain és transzkripciós elemzéséhez.

A projektet az Alsó-Szászországi Tudományos és Kulturális Minisztérium (MWK) és a Volkswagen Alapítvány finanszírozza a „Big Data in the Life Life Sciences of the Future” pályázat részeként.

Az UMG sajtóközleményéhez

KFO 5002 "A hasnyálmirigyrák altípus-specifikus terápiájának genomdinamikájának jellemzése és célzása"

Központi projekt CP2

További információk a KFO 5002-ről

SFB 1002 "Modulációs egységek szívelégtelenségben"

A DFG által finanszírozott Collaborative Research Center (SFB) 1002 célja a széleskörű betegség szívelégtelenségének ("szívelégtelenség") részleteinek és összefüggéseinek jobb megértése. Az SFB kutatóinak célja új módszerek kifejlesztése a szívelégtelenség hatékonyabb kezelésére. Ehhez megvizsgálják azokat a kiválasztott jelutakat, amelyek kapcsolatot teremtenek a szív különböző sejtjei és a szívsejtek legkisebb funkcionális egységei, az úgynevezett funkcionális mikrodomének között, és szerepet játszanak a szívelégtelenség kialakulásában.

További információk az SFB1002-ről

Publications AG Salinas

2015 és korábbi

Az empagliflozin hosszú távú hatásai gerjesztés-összehúzódás-kapcsolásra humán indukált pluripotens őssejt-kardiomiocitákban
Pabel S, Reetz F, Dybkova N, Shomroni O, Salinas G, Mustroph J, Hammer KP, Hasenfuss G, Hamdani N, Maier LS, Streckfuss-Bömeke K, Sossalla S.
J Mol Med 2020 október 9. [Epub a nyomtatás előtt]

A motoros neuron transzlatoma a SYNGR4 és a PLEKHB1 deregulációját tárja fel mutáns TDP-43 amiotrófiás laterális szklerózis modellekben
Marques RF, Engler JB, Küchler K, Jones RA, Lingner T, Salinas G, Gillingwater TH, Friese MA, Duncan KE
Hum Mol Genet 2020, július 7: ddaa140. doi: 10,1093/hmg/ddaa140. Online nyomtatás előtt.

A keringő emlőráksejtek jellemzése tumorigénes és metasztatikus kapacitással
Koch C, Kuske A, Joosse SA, Yigit G, Sflomos G, Thaler S, Smit DJ, Werner S, Borgmann K, Gärtner S, Mossahebi Mohammadi P, Battista L, Cayrefourcq L, Altmüller J, Salinas-Riester G, Raithatha K, Zibat A, Goy Y, Ott L, Bartkowiak K, Tan TZ, Zhou Q, Speicher MR, Müller V, Gorges TM, Jücker M, Thiery JP, Brisken C, Riethdorf S, Alix-Panabières C, Pantel K.
EMBO Mol Med 2020, július 15: e11908. doi: 10.15252/emmm.201911908. Online nyomtatás előtt.

Intronikus CRISPR helyreállítás a Noonan-szindrómával összefüggő kardiomiopátia preklinikai modelljében
Hanses U, Kleinsorge M, Roos L, Yigit G, Li Y, Barbarics B, El-Battrawy I, Lan H, Tiburcy M, Hindmarsh R, Lenz C, Salinas G, Diecke S, Müller C, Adham I, Altmüller J, Nürnberg P, Paul T, Zimmermann WH, Hasenfuss G, Wollnik B, Cyganek L.
Keringés. 2020 július 6. doi: 10.1161/CIRCULATIONAHA.119.044794. Online nyomtatás előtt.

Az endocitózis DNS-metiláció által közvetített modulációja, mint a szinaptikus funkció szabályozásának lehetséges mechanizmusa az egér gátló kérgi interneuronjaiban
Pensold D, Reichard J, Van Loo KMJ, Ciganok N, Hahn A, Bayer C, Liebmann L, Groß J, Tittelmeier J, Lingner T, Salinas-Riester G, Symmank J, Halfmann C, González-Bermúdez L, Urbach A, Gehrmann J, Costa I, Pieler T, Hübner CA, Vatter H, Kampa B, Becker AJ, Zimmer-Bensch G.
Cereb Cortex 2020 június 1.; 30 (7): 3921-3937. doi: 10,1093/cercor/bhaa009.

Az IgG Fc szialilációját a csíra centrális reakciója során szabályozzuk különböző adjuvánsokkal végzett immunizálás után
Bartsch YC, Eschweiler S, Leliavski A, Lunding HB, Wagt S, Petry J, Lilienthal GM, Rahmöller J, de Haan N, Hölscher A, Erapaneedi R, Giannou AD, Aly L, Sato R, de Neef LA, Winkler A, Braumann D, Hobusch J, Kuhnigk K, Krémer V, Steinhaus M, Blanchard V, Gemoll T, Habermann JK, Collin M, Salinas G, Manz RA, Fukuyama H, Korn T, Waisman A, Yogev N, Huber S, Rabe B., Rose-John S, Busch H, Berberich-Siebelt F, Hölscher C, Wuhrer M, Ehlers M.
J Allergy Clin Immunol 2020, május 20 .: S0091-6749 (20) 30728-4. doi: 10.1016/j.jaci.2020.04.059.

Az FBRSL1 de novo mutációi újszerű felismerhető rendellenességeket és értelmi fogyatékosság-szindrómát okoznak
Ufartes R, Berger H, Till K, Salinas G, Sturm M, Altmüller J, Nürnberg P, Thiele H, Funke R, Apeshiotis N, Langen H, Wollnik B, Borchers A, Pauli S.
Hum Genet. 2020 május 18.

Az ULK1 autofág fehérje gátlása in vitro és in vivo gyengíti az axonális degenerációt, fokozza a transzlációt és modulálja a splicinget
Vahsen BF, Ribas VT, Sundermeyer J, Boecker A, Dambeck V, Lenz C, Shomroni O, Caldi Gomes L, Tatenhorst L, Barski E, Roser AE, Michel U, Urlaub H, Salinas G, Bähr M, Koch JC, Lingor P
Cell Death Differ 2020 április 27. doi: 10.1038/s41418-020-0543-y. [Epub a nyomtatás előtt]

Az emberi glioma őssejtek hipofrakcionált sugárzásából származó klinikailag releváns eredmények sokfélesége tükrözi a transzkriptómás változások különféle mintáit
Kalasauskas D, Sorokin M, Sprang B, Elmasri A, Viehweg S, Salinas G, Opitz L, Rave-Fraenk M, Schulz-Schaeffer W, Kantelhardt SR, Giese A, Buzdin A, Kim EL
Rákok (Bázel) 2020 március 1.; 12. (3). pii: E570. doi: 10.3390/rákok12030570.

Az ammónium szisztémásan hat, míg a nitrát további helyi hatást fejt ki a Medicago truncatula csomókra
Schulze J, Liese R, Ballesteros G, Casieri L, Salinas G, Cabeza RA
Plant Sci. 2020 március; 292: 110383. doi: 10.1016/j.plantsci.2019.110383. Epub 2019 december 19.

A tranzit amplifikáló sejtek fokozott jelenléte és differenciális molekuláris lenyomata a pikkelysömörben
Witte K, Jürchott K, Christou D, Hecht J, Salinas G, Krüger U, Klein O, Kokolakis G, Witte-Handel E, Mössner R, Volk HD, Wolk K, Sabat R
J Mol Med 2020 január; 98 (1): 111-122. doi: 10.1007/s00109-019-01860-3. Epub 2019 december 12.

Az endogén gén expresszió CRISPR által közvetített aktiválása a postnatalis szívben
Schoger E, Carroll KJ, Iyer LM, McAnally JR, Tan W, Liu N, Noack C, Shomroni O, Salinas G, Groß J, Herzog N, Doroudgar S, Bassel-Duby R, Zimmermann WH, Zelarayán LC
Circ Res. 2020, január 3.; 126. cikk (1): 6–24. doi: 10.1161/CIRCRESAHA.118.314522. Epub 2019 november 15.