DNS vonalkód a biodiverzitás jellemzésére - Encyclopédie de l; környezet
Új nagy áteresztőképességű molekuláris biológiai technikák teszik lehetővé a környezetünkben lévő fajok azonosítását. A DNS-nek a környezetben fennmaradó rövid töredékeinek jellemzésével így víz-, talaj- vagy ürülékmintákból lehet leltározni egy ökoszisztéma biológiai sokféleségét. Ezeknek a készleteknek az érdeklődése rendkívül változatos. Lehetővé teszik a különálló fajok jelenlétének kimutatását, a paleo-környezetek helyreállítását vagy az étrend jellemzését. Ezenkívül kilátásokat kínálnak az élelmiszer-ipari és kozmetikai termékek DNS-nyomon követhetőségének és hitelességének ellenőrzésére.
1. Univerzális diagnosztikai eszköz
A fajok biodiverzitásának jellemzése fontos tudományos és társadalmi kérdés. Valójában a fajok azonosítása szükséges előfeltétele az ökoszisztémák működését, dinamikáját és evolúcióját feltételező kölcsönhatásaik megértésének. Erre a lépésre azért is szükség van, hogy a klímaváltozás, a földhasználati szokások változásai és az urbanizáció következtében bekövetkező globális változásokkal összefüggésben meg lehessen őrizni vagy akár helyreállítani a biológiai sokféleséget. A fajok leírása nem jelent új keletű problémát, mindig érintette az összes emberi társadalmat, amely különféle célokból eltávolítja az organizmusokat a környezetéből: élelmiszer, gyógyszer, kultúra stb.
A fajokat elsősorban morfológiai kritériumok alapján írták le és írják le, amelyeket a tudományos fejlődés során molekuláris kritériumok egészítettek ki, különös tekintettel a fajok jellemzésére.DNS (olvassa el Mi a biológiai sokféleség?). Ez utóbbiak különösen relevánsak azoknak a csoportoknak a tanulmányozása során, amelyekben a morfológia nehezen hozzáférhető, például mikroorganizmusok, vagy nem nagyon változóak, mint pl. fonálférgek.
1. ábra A környezeti minta összetételének elemzésének elve. Az első lépésben az egyes minták DNS-ét extraháljuk. Ezután meghatározott primerek alkalmazásával PCR-rel amplifikáljuk. Az azonos mintából származó összes DNS-fragmenst azonos jelöléssel jelölik. Ezután a mintákat összekeverjük, ezt multiplexeljük, majd masszív szekvenálást lehetővé tevő eszközökkel szekvenáljuk. Az azonos mintából származó szekvenciák mindegyike azonos jelöléssel rendelkezik, így lehetséges azonosítani az összes szekvenciát ugyanabból a mintából. Ezután az adott mintában jelen lévő fajokat az adatbázisokkal összehasonlítva azonosítjuk.
2. Molekuláris biológiai megközelítés az ökológia szolgálatában
E folyamat során elengedhetetlen a bioinformatikai eszköz. Adatok rendezésére, referencia alapok összeállítására, szekvenciák hozzárendelésére taxonokhoz Az élőlények hierarchikus osztályozásának egységei. A kifejezést általában a faj (faj) és az alfaj (alfaj) soraiban használják. ezeken az adatbázisokon keresztül címkealisták meghatározásához és a szekvenálási hibák kezeléséhez.