Kiújuló Clostridium difficile colitis, az egyetlen validált javallat Biocodex Microbiote Institut
Egyelőre csak a visszatérő Clostridium difficile fertőzésre korlátozódik, a fekális mikrobiota transzplantáció (TMF) indikációi kiterjeszthetők más olyan patológiákra is, amelyekben a bél mikrobiota egyensúlyhiányának következményei már bizonyítottak.

Az egészségügyi ellátással összefüggő hasmenés fő oka, a visszatérő C. difficile colitis vélhetően több mint 450 000 amerikait fertőzött meg 2011-ben, köztük 30 000 meghalt. Franciaországban 2014-ben 1800 haláleset társult C. difficile fertőzéssel2. Becslések szerint a halálozás 5% -a közvetlenül ennek a bakteriális törzsnek tulajdonítható kórházi betegeknél.
Az 1990-es évekig a C. difficile colitis meglehetősen ritka fertőzés volt, amely nem jelentett különösebb veszélyt az egészségre: az antibiotikumokkal végzett kezelés elegendő volt a legyőzéséhez. De 20 év alatt ennek a betegségnek a gyakorisága több mint kétszeresére nőtt, miközben az antibiotikumok hatékonysága zuhant, és csak 20-30% -kal gyógyítja meg a 8,9-et. Kérdés: a baktériumok antibiotikumokkal szembeni rezisztenciájának éles növekedése. Csak a 2000-es évek elején és a C. difficile genom szekvenálásával sikerült kimutatni egy különösen virulens törzset, amely rezisztens az antibiotikumokkal és képes a baktérium által normálisan kiválasztott toxinok mennyiségének több mint tízszeres termelésére.