L-karnitin veszélyes fehérjék központja
Az L-karnitin egy erőteljes zsírégető, amely megfelelő időzítést és megfelelő adagolást igényel, hogy a testre gyakorolt hatása optimális legyen. Mint a testépítők által használt egyéb étrend-kiegészítőket, az L-karnitint is felesleg nélkül kell bevenni a mellékhatások felerősödése kockázatával.

Az L-karnitin nagy dózisával járó mellékhatások általában hasmenés vagy laza széklet epizódjai. Néhány tanulmány még azt is kimutatta, hogy vörös húsból nagy mennyiségű porított L-karnitin fogyasztása érelmeszesedést okozhat. Az emésztőrendszer baktériumai átalakítják ezt a peptidet TMA-vá (trimetil-amin), amely viszont a májban való áthaladás után trimetil-amin-oxidot (TMAO) termel. Ez a TMAO egy mérgező anyag, amelyet az egereken végzett kísérlet szerint az érelmeszesedés okozójának tekintenek. Természetesen ez még nem fordul elő az embereknél, de tanácsos figyelemmel kísérni az L-karnitin adagját, különösen testépítőknél és fogyókúrás étrendet folytató egyéneknél, akik hajlamosak nagy mennyiségben fogyasztani, hogy többet érjenek el.