SYSTOMONAS - integrált adatbázis; biológia; pseudomonas; SYSTOMONAS
a Pseudomonas rendszerbiológiai elemzéséhez: Chlaudia Choi1, Richard Mu nch1, Stefan Leupold1, Johannes Klein1, Inga Siegel1, Bernhard Thielen2, Beatrice Benkert1, Martin Kucklick1, Max Schobert1, Jens Barthelmes2, Christian Ebeling2, Isam Haddad1, Maurice Scheer1,4, Andreas Grote1,3, Karsten Hiller1, Boyke Bunk1, Kerstin Schreiber1, Ida Retter1, Dietmar Schomburg2 és Dieter Jahn1, * 1Instit Braunschweig Műszaki Egyetem, Spielmannstrasse 7, D-38106
Braunschweig, Németország, 2SYSTOMONAS Intézet
- für Biochemie, Universita tzuKo ln, Zu lpicher Straße 47, D-50674 Ko ln, Németország, 3Brainprocess Engineering Institute, Braunschweig Műszaki Egyetem, Gaußstraße 17, D-38106 Braunschweig, Németország és4 Számítástudományi Tanszék, Alkalmazott Tudományok Egyetem, Wolfenbu Tel, Am Exer 2, D-38302 Wolfenbu Tel, Németország 2006. augusztus 11-én; Felülvizsgált és elfogadott 2006. október 5-én. ABSTRACT Integrált bioinformatikai platformra a fertőzésben és a biotechnológiában alkalmazott pszeudomonádok biológiájának rendszerszemléleti megközelítéséhez.
- Megalakult a SYSTOMONAS adatbázis (a pszeudOMONAS rendszerbiológiája). Saját kísérleti metabolománk, proteomunk és transzkripciós adataink mellett a sejtes folyamatok különféle további előrejelzéseit, például a génszabályozó hálózatokat mentették el. A metabolikus hálózatok SYSTOMONAS rekonstrukciója a SYSTOMONAS-ban összehasonlítással történt
elért genomika. A széles körű adatintegrációt szappanfelületeken keresztül valósítják meg a létrehozott Brenda, KEGG és PRODORIC adatbázisok számára. Különböző eszközök állnak rendelkezésre a tárolt SYSTOMONAS adatok elemzéséhez és a megfelelő eredmények megjelenítéséhez, amelyek lehetővé teszik a metabolikus utak, a genomiális elrendezések vagy a SYSTOMONAS promoter struktúrák gyors megértését. A SYSTOMONAS fókuszában pszeudomonádák és különösen a pseudomonas aeruginosa, egy opportunista emberi kórokozó áll. Ezzel az adatbázissal arra szeretnénk ösztönözni a seudomonas közösséget, hogy egy integrált rendszerbiológiai stratégia segítségével derítse ki az érdekes sejtes folyamatokat. SYSTOMONAS Az adatbázis a http://www.systomonas.de címen érhető el. A SYSTOMONAS hagyományosan motivált
anyagcsere- és génszabályozó hálózatok külön elemezve. A metabolikus hálózat rekonstrukciójának különféle eszközei vannak [Z. B. (1-3)] és a génszabályozó hálózatok generálásához (4) a DH előrejelzi bizonyos gének szabályozását specifikus transzkripciós faktorokkal. Azonban még mindig kevés olyan eszköz van, amely mindkét hálózatot egyesíti, mint például a Pathway Tools Omics Viewer (5). Ez a gyenge kapcsolat a kettő között A megközelítések oka lehet, hogy a szükséges Comment prendre soin de soi en télétravail vagy au iroda információkat különböző adatbázisokban tárolják. Információ a transzkripciós faktor kötőhelyeiről
megtalálható például a biológia regulonban
DB (6) vagy PRODORIC (7), míg más adatbázisokból, például a BRENDA (8), a BioCyc (5), a KEGG (9), a PseudoCyc, anyagcsere-reakciók vagy útvonalak(10) és UM-BDD (11) be kell szerezni. A több tudományágból származó ismeretek és adatforrások kombinációja elősegíti a sejtes folyamatok megértését, és a sejtek viselkedésének teljes megjóslásához vezet. Ennek eredményeként felépítettük a SYSTOMO-NAS adatbázist, amely a rendszerbiológiai megközelítés alapját képezi. Itt a biológiai, biotechnológiai és orvosilag releváns baktériumcsoport adatintegrációjára koncentrálunk
A Systomonad tartalma A rendszerbiológiai megközelítés összetettsége megköveteli, hogy egy adott jól tanulmányozott organizmusra összpontosítson. A Gram-negatív proteobaktériumPseudomonasaeruginosa biológiát választottuk. Ez a szervezet sokoldalú talajbaktérium és fontos opportunista kórokozó, amely tartós fertőzést okoz immunhiányos betegeknél (12). Hosszú távú célunk egy dinamikus modell kidolgozása, amely szimulálja a P. aeruginosaduring fertőzés viselkedését. Megközelítésünk alapja a SYSTOMONAS, egy átfogó adatbázis, amely minden elemzési szint adatait tartalmazza, például a mikroarray és a proteomikai adatokat, a biológiai metabolit méréseket, a szekvenciaadatokat, a génszabályozó hálózatokat és a megfelelő enzimadatokat. * Kinek kell címezni a levelezést. Tel .: +49 531 391 5801; Fax: +49 531 391 5854; E-mail: [email protected]Ó2006 a szerző (k) biológiája
(en). Ez egy nyílt hozzáférésű cikk, amelyet a Creative Commons Nevezd meg a Kereskedelmi Engedély (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/2.0/uk/) biológiai feltételei szerint terjesztenek korlátlan, nem kereskedelmi célú felhasználásra, terjesztésre és sokszorosításra. minden egyes közeg, feltéve, hogy az eredeti művet megfelelően megemlítik Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, database issueD533 - D537doi: 10.1093/nar/gkl823 Adatbázisunk nyolc különböző fajról és törzsről tartalmaz információkat, amelyek genomjait teljes mértékben szekvenálták és funkcionálisan feljegyezték. Az orvosilag releváns P.aeruginosathe mellett a generapseudomonas számos fontos fitopatogén, biotechnológiai és ökológiai szempontból érdekes fajt tartalmaz.