A szülőcsúcs
A szennyeződések jelenléte nehézségeket, sőt hibákat okoz az alapcsúcs leolvasása során, amikor ezeknek a behatolóknak a tömege nagyobb, mint a vizsgált vegyületé. A kockázat alacsonyabb, ha a szennyeződés tömege alacsonyabb, mint a vizsgált vegyület tömege, ennek ellenére a különböző fragmensek értelmezése zavart okoz.

A szennyeződésnek két eredete lehet:
- az elemzett termék tisztaságának hiánya, amely problémákat vet fel a közvetlen bevezetés során, de problémát megold, amelyet tömegspektrometriával és GC/MS gázkromatográfiával kombinálnak (feltéve, hogy az ideális oszlop elkülöníti a szennyeződést az elemzendő vegyülettől);
- a spektrométer szennyezése alacsony illékonyságú termékekkel (in situ polimerizáció, szivattyúolajok stb.); ezt a nehézséget úgy lehet megoldani, hogy minta hiányában "fehér spektrumot" állítunk elő, amelyet aztán kivonhatunk a mintaspektrumból (manuálisan vagy automatikusan a legújabb spektrométereken).
Ez a helyzet fő hibaforrás, különösen az elektronikus ionizáció során. Bizonyos molekuláris ionok instabilak és spontán módon lebomlanak egy stabilabb ion formájában, amely azután szülőcsúcsként jelenik meg. Tehát bizonyos, agresszív ionizációs körülményeknek kitett alkoholok dehidratálódnak, és hasonló spektrumot adnak, mint az elimináció eredményeként kapott alkén. Ezt a nehézséget ma már enyhe ionizációs módszer, például kémiai ionizáció segítségével lehet leküzdeni.
Néhány könnyen beazonosítható helyzet megfelel egy gyökötöredék elvesztésének, vagyis eleve egy páratlan tömegű töredéknek (kivéve a nitrogéngyököt); az így kapott hamis szülőcsúcs a páratlan tömeg csúcsa, amely az érvénytelenség első jele (a nitrogénvegyületek kivételével lásd a nitrogénszabályt). Így a sok metilcsoportot hordozó erősen elágazó vegyületek hamis szülőcsúcsot adhatnak P-15 (CH3 veszteség). Az erősen metoxilezett vegyületek esetében hasonló helyzet áll fenn egy hamis szülőtömeg-csúccsal is P-31 (OCH3 elvesztése).