A terhelési szindróma klinikai hasznosságának géntérképe - 2015. évi frissítés - European Journal of
Témák
Frissítés a: European Journal of Human Genetics (2011) 19., doi: 10.1038/ejhg.2011.45; online, 2011. március 16-án jelent meg
1. A BETEGSÉG JELLEMZŐI
1.1. A betegség neve (szinonimák)
CHARGE szindróma (CHARGE társulás, Hall - Hittner szindróma).
1.2 A betegség OMIM-száma
1.3 Az elemzett gének vagy DNS/kromoszómaszegmensek neve
1.4 A gén (ek) OMIM száma
1,5 mutációs spektrum
Túlnyomórészt heterozigóta egyetlen nukleotidvariánsok, amelyek befolyásolják a fehérje működését (44% nonszensz, 34% kereteltolás, 11% a splice-hely és 8% missense). Kevesebb, mint 5% deléció vagy mikrodeletió a 8q12.1 teljes exonból, beleértve a CHD7-et is (//www.chd7.org/). 1
1.6. Az elemzés módszerei
Az összes kódoló exon szekvenálása, beleértve azok CDH7 határait Sanger szekvenálással, egy célzott gén panel részeként a Mendeli-szindrómák számára, vagy teljes exom szekvenálás. 2 MLPA, amely lefedi a legtöbb kódoló exont, beleértve az 5'UTR-t és a CHD7 első nem kódoló exonját. 3 CGH táblázat kiválasztott esetekben. A hagyományos citogenetika általában normális. A CHD7-en keresztüli töréspont-transzlokációkat véletlenül jelentették. 1
1.7. Analitikai validálás
A szekvenciaelemzés a vizsgálati területen jelenlévő (egy) nukleotidvariánsok> 99% -át detektálja. Párhuzamos szekvenálási technikáknál a hamis negatív arány attól függ, hogy a panel vagy az alkalmazott platform milyen gént fed le. Az MLPA becsült érzékenysége> 90% az egyes exonokra, és> 95% a több próbát lefedő deléciókra.
1.8 A betegség becsült gyakorisága (előfordulás születéskor (prevalencia születéskor) vagy prevalencia a populációban)
Elterjedtség születéskor = 1: 15 000–17 000
1.9 Adott esetben prevalencia a vizsgált személy etnikai csoportjában
Jelenleg nincs bizonyíték az etnikai csoportok közötti eltérő prevalenciára.
1.10 Diagnosztikai beállítások
Nem alkalmazható.
2. A VIZSGÁLAT JELLEMZŐI
2.1. Analitikai érzékenység
(a pozitív tesztek aránya, ha a genotípus jelen van)
Az alkalmazott módszertől függ. Ha csak CHD7 szekvenálást hajtanak végre, akkor a törlések elmaradnak. A betegek kevesebb mint 5% -ánál a CHARGE szindróma a teljes exon vagy az egész gén delécióinak köszönhető. 3, 5 Ha a Sanger szekvenálást MLPA-val kombinálják, az érzékenység majdnem 100%. Párhuzamos szekvenálási technikák esetén az analitikai érzékenység a panelen vagy az alkalmazott platformon található gének lefedettségétől függ.
2.2 Analitikai specificitás
(a negatív tesztek aránya, ha a genotípus nincs jelen)
Az analitikai specificitás majdnem 100%. Bizonyos változatokat félre lehet értelmezni úgy, hogy betegségeket okoznak. A missense változatok értelmezésére algoritmust tett közzé Bergman és mtsai. 6.
2.3 Klinikai érzékenység
(a pozitív tesztek aránya, ha a betegség fennáll)
A klinikai érzékenység különböző tényezőktől függhet, mint például az életkor vagy a család története. Ilyen esetekben általános állítást kell megadni, bár a számszerűsítés csak eseti alapon végezhető el.
A klinikai érzékenység az alkalmazott klinikai kritériumoktól függ. A betegek több mint 90% -ában megfelel Blake et al. 7 vagy Verloes és mtsai. A 8. ábrán egy betegség okozó változata található. 9 A CHARGE szindrómával gyanúsított emberek 30-60% -ában megtalálható egy betegség okozó variáns. A CHARGE 1, 10 szindróma gyakran kizárható, ha a beteg nem felel meg a klinikai kritériumoknak, és nem hordoz olyan betegséget, amely a CHD7 variánsát vagy delécióját okozza.
A szindróma klinikai változékonysága jelentős. Ha a diagnózis Blake et al. 7 vagy Verloes és mtsai. 8 kritérium szerint a CHARGE szindrómában szenvedők egy része hiányozni fog. Ezen kritériumok klinikai specifitása megközelítőleg 85%, mivel a CHD7 betegséget kiváltó változatban szenvedő betegek 14-17% -a nem felel meg teljes mértékben ezeknek a kritériumoknak. 4 Bergman és mtsai. 6 kritériumot határoztak meg a CHD7 szűrővizsgálathoz, és azt mutatták, hogy ha ezeket a kritériumokat alkalmazzák, akkor rendkívül alacsony annak a kockázata, hogy a vizsgálatot nem ajánlják fel a CHD7 betegséget kiváltó változatú beteg számára. 4 De figyelembe kell venni, hogy a lágy fenotípus spektrum vége még mindig tágul. Ne feledje, hogy néhány CHD7 mutációban szenvedő beteg egyezik a Kallmann-szindróma diagnózisával is. A fenotípus spektrum könnyebb végén a CHD7-kórt kiváltó variánsokkal rendelkező betegek hipogonadotrop hipogonadizmust mutathatnak, a CHARGE szindróma néhány további kisebb jellemzőjével. 11, 12, 13
Bizonyos állapotok utánozhatják a CHARGE szindrómát: 22q11.2 deléciós szindróma, VACTERL kombináció, SOX2 mutációk, mandibulofacialis dysostosis, kromoszóma rendellenességek (pl. 3p12p21.2 deléciók), p21.2: p12-> qter) és a CHARGE hasonló fenotípusa. Am J Med Genet 1997; 69: 413–417. "Href =/articles/ejhg201515 # ref14 aria-label =" Reference 14 "data-track = click on data-track-label = link> 14 teratogének (pl. Anyai cukorbetegség, Accutane) és szindróma által okozott rendellenességek Kallmann 13