Energia - összekötő energiakalóriák - CiupaCabra

Megpróbálom optimalizálni a kölcsönhatásokat egy véletlenszerű molekulasorozatra, és egy fehérjét tesztelni a dokkoló szoftver segítségével. A szoftver QM/MMGBSA segítségével kiszámítja a szabad energiát joule-ban (igen, ez nem mérés, de nagyon következményes). A nagyobb molekuláknak automatikusan több szabad energiájuk van, mert nagy az energiapotenciáljuk. Szeretném elosztani a szabad energiát a molekulában lévő atomok mennyiségével vagy a Dalton-molekulák teljes számával. Az ötlet az energia normalizálása és a kötéshez kapcsolódó kalóriamennyiség biztosítása lenne. Megkértem egy egyetemi professzort, hogy mérje meg ilyen módon a kapcsolat hatékonyságát, és azt mondta, hogy nem tudja, mit kínál a joule/asztal. Úgy tűnik, hogy a szükséges kalóriamennyiség képes megfelelően osztályozni a megfelelő életképességi méretekkel 2 pozitív és 1 negatív kontrollt, de nekem erre az ötletre van szükségem a szakértői értékelés átadásához. Ez az ésszerű Joule/Dalton racionalizálásom?

energiakalóriák

Méri az azttp (AZT-trifoszfát), a gtp (guanin-trifoszfát) és az AZTppppA (AZTP + AMP) kötődési energiáját a vad típusú transzverzális HIV-n (8ICO). Negatív mintámhoz 8 kiváló minőségű konformert és QM/MMGBSA-t tartalmazó független dokkot (AZT + AMP), 5 konformert a fő pozitív mintámhoz (AZTTP) és 1 konformert a kisebb pozitív mintához (gtp) használtam. Két vagy három kiváló minőségű konformerem van ugyanazon folyamatokon keresztül minden vizsgálati mintához.

A HIV RT-nek van egy alagútja, amelyben a nukleotid-analógok áthaladnak egy zseben, ahol ha egy molekula hatékonyan kötődik, akkor elfogadják, de ha nem sikerül, foszforilálódik és kiválasztódik. Olyan mutatót próbálok létrehozni, amely felhasználható a link hatékonyságának mérésére, és lehetővé teszi számomra, hogy kikövetkeztessem az elutasítás valószínűségét (csak). Mivel a dokkoló ablak/doboz kicsi és nem változik az egyes tesztalanyok esetében, a HIV-RT-t állandónak szeretném tekinteni.