NewsDiaspora Hallgatói teljesítmény; a Genetikai Tanszékről; a Karon; ii. Biológia
A Bukaresti Egyetem Biológiai Karának Genetikai Tanszékén dolgozó szakemberekből és hallgatókból álló csoport teljes egészében Romániában készített többsejtű eukarióta szervezet (ebbe a kategóriába tartozik minden növény és állat) genotípusának első szekvenálását. A genotípus elnevezés jobban megfelel az egyén vagy egy helyi populáció genetikai információinak, mint az általános genom kifejezés, amelyet a fajra kell használni.
A Drosophila laboratóriumi csoport szekvenálta a Drosophila melanogaster (ecetszúnyog) helyi vonalának genotípusát (teljes genomszekvencia), amelyet a Romanii de Sus - Horezu (Vâlcea) alhegységről gyűjtött egyedekből nyertek és a laboratóriumban stabilizálták.
A kísérleti projekt során szerzett gyakorlati tapasztalatok lehetővé teszik az UB Biológiai Karán működő Drosophila laboratóriumi csapat számára, hogy a D. melanogaster genomikájával és genetikájával kapcsolatos számos elméleti és gyakorlati kérdéssel foglalkozzon, de figyelembe vegye a genotípusok és más vonalak genomjának szekvenciáját is az érdekes fajok, beleértve a Homo sapiens-t is.
Valójában az UB Biológiai Karának Drosophila laboratóriumában végzett egyik fő kutatási tevékenység a mobil genetikai elemek, az úgynevezett transzpozonok jelenlétének, gyakoriságának és eloszlásának bioinformatikai elemzése a Horezu-vonal genotípusában.
A szekvenálási adatok értelmezése nagy kihívást jelent a bioinformatikai szoftver komplexitása és a D. melanogaster-Horezu vonal genotípusában érdekelt transzpozonok strukturális annotálásához szükséges számítási teljesítmény szempontjából.
Ez a kísérleti megközelítés lehetővé teszi a D. melanogaster fajok genomikájához és genetikájához kapcsolódó elméleti és gyakorlati szempontok megközelítését, és a II. Osztályú transzpozonok őshonos vonalakban történő jellemzése a Drosophila laboratóriumban javában zajló doktori disszertáció tárgyát képezi.
A szekvenálási adatok értelmezését a D. melanogaster román vonalán az UB Biológiai Karának Drosophila laboratóriumában végeztük, többek között a szintén ebben a laboratóriumban kifejlesztett Genome ARTIST (www.genomeartist.ro) bioinformatikai program segítségével.
A szekvenálási kísérletbe bevont csapattagok előadók. univ. dr. Rațiu C. Attila, doktorandusz Bologa M. Alexandru, Ghiță C. Iulian mesterhallgató, Bălănescu V. Mihnea hallgató és egyetemi docens Dr. Alexandru Al. Ecovoiu.
A nukleotidszekvenciák megszerzéséhez és feldolgozásához 32 Gb DDR4 RAM-mal, i7-6500U processzorral, 500 Gb SSD-vel és LINUX MINT operációs rendszerrel felszerelt számítógépre volt szükség, amelyhez az Oxford Nanopore MinION szekvenáló eszközt csatlakoztatták. mikrobiológus társainak.
48 órás hatékony szekvenálás után 36,5 Gb specifikus adat keletkezett, amelyek további feldolgozása speciális formátumban további 4 nap folyamatos számítást igényelt, így a számítógép kb. 6 napig zavartalanul működött február 28-án - 2020. március 4.
Az olvasmányok (szekvenciák) gyűjteményét az Országos Biotechnológiai Információs Központ (NCBI) nemzetközi adatbázisban tároltuk, és a link itt érhető el.