A mati mérgező hatása; aktív res - SAgE peszticidek
A klotianidin alacsony toxicitású az édesvízi halakra (LC50 - 96 h> 101 500 µg/l a szivárványos pisztrángban), az édesvízi gerinctelenekre (EC50 - 48 h> 119 000 µg/L a Daphnia magna esetében) és az erek növényekre (14 napos EC50> 121 000 µg/l a Lemna gibba esetében). Enyhén mérgező a zöldalgákra (EC50 - 120 óra 64 000 µg/l-ből Pseudokirchneriella subcapitata esetében). Log P-je azt jelzi, hogy valószínűleg nem bioakkumulálódik.

A klotianidin gyakorlatilag nem mérgező a bobfehér fürjben (LD50 nagyobb, mint 2000 mg/ttkg). A japán fürjeknél azonban mérsékelten mérgező (LD50 nagyobb, mint 423 mg/ttkg).
Ez a rovarölő szer nagyon mérgező a méhekre (orális LD50 0,004 µg/méh és kontakt LD50 0,03 µg/méh). A TZNG, egy metabolit, mérsékelten mérgező a méhekben (LD50 3,95 µg/méh). A TMG, MNG és TZMU transzformációs termékek gyengén mérgezőek (LD50> 152 µg/méh TMG, LD50> 153 µg/méh MNG és LD50> 113 µg/méh TZMU esetében).
A klotianidin a környezetben normális pH-értéken ellenáll a hidrolízisnek. Fotolízissel lebomlik a talaj felszínén, felezési ideje 8,2 nap, vízben pedig felezési ideje 3,1–28 óra. Ez a rovarölő szer gyengén perzisztens a talajban aerob körülmények között (felezési ideje 11–5357 nap) és vízben aerob (felezési ideje 9–181 nap). Anaerob körülmények között gyengén perzisztens a vízben (felezési ideje 5 nap).