A tumor választ a végbélrákos betegek genetikai profilja határozza meg

tumor

  • alanyok
  • absztrakt
  • bevezetés
  • Betegek és módszerek
  • A tanulmány megtervezése és a betegek toborzása
  • Radiokirurgia
  • A terápia hatékonyságának értékelése
  • Genotipizáló tesztek
  • Statisztikai analízis
  • Eredmények
  • A TRG asszociációja klinikai/demográfiai jellemzőkkel és csíravonal polimorfizmusokkal egyváltozós elemzéssel
  • A TRG asszociációja klinikai/demográfiai jellemzőkkel és csíravonal polimorfizmusokkal többváltozós elemzéssel
  • A TRG asszociációja klinikai/demográfiai jellemzőkkel és csíravonal polimorfizmusokkal rekurzív partíciós elemzéssel
  • vita

Videó: Egyszerű új vérvizsgálat, amely korán el tudja kapni a rákot Jimmy Lin (2020 november).

alanyok

absztrakt

bevezetés

Nemrégiben bebizonyosodott, hogy a gazda genetikai variabilitása kulcsfontosságú eleme a rák kemoradiációjának személyre szabásában, különösen a lokálisan előrehaladott végbélrák neoadjuváns kezelésében. 17, 18, 19 A farmakogenetikai vizsgálatok nagy része egyetlen jelölt génre összpontosít, amelyről úgy gondolják, hogy szorosan összefügg a gyógyszer klinikai kimenetelével. A közelmúltban egy átfogóbb megközelítést választottak, amely figyelembe veszi az asszociációs terápiában részt vevő különféle metabolikus és sejtes utak komplex kölcsönhatását.

Ebben a tanulmányban útvonal-alapú megközelítést alkalmaztunk, és 16 különböző génben 25 polimorfizmust választottunk ki, amelyek kulcsszerepet játszanak a végbélrák pCRT-ben és különösen a sugárzásban (XRCC1, XRCC3, ERCC1, ERCC2, RAD51, hMLH1, hMSH2, hOGG1, GSTP1, GSTT1, GSTM1 és GSTA1 gének, fluor-pirimidinek (TYMS és MTHFR gének) és multirezisztencia (ABCB1 és ABCC2 gének) Egyéni kapcsolatuk van a TRG-vel és ezen tényezők közötti kölcsönhatások a gén és A vizsgálat célja egy olyan specifikus genetikai profil meghatározása volt, amely a TRG-t a tumorválasz leggyakrabban elismert paraméterévé teszi a lokálisan előrehaladott végbélrákos pCRT-vel kezelt betegeknél, valamint a gén és a környezet között osztályozás és regressziófa elemzés (CART) segítségével. megjósolták.

Betegek és módszerek

A tanulmány megtervezése és a betegek toborzása

1993 decembere és 2006 júniusa között 277, közepes és alacsony primer rektális adenokarcinómában szenvedő, pCRT-ben szenvedő beteget vontak be az olaszországi Avianóban működő CRO-Nemzeti Rákkutató Intézetbe (106 beteg) és a Padovai Egyetem Orvostudományi Karának általános kórházába, Padova, Olaszország (171 beteg). A betegek kezelése előtti értékelése teljes klinikai anamnézist és fizikai vizsgálatot, kolonoszkópiát, teljes vérsejtszámot, mellkasröntgen-, máj- és transzrektális ultrahangot, kismedencei komputertomográfiát és karcinoembrionális antigéntesztet tartalmazott. Minden eljárást az egyes részt vevő intézmények intézményi felülvizsgálati bizottsága felülvizsgált és jóváhagyott, és minden páciens írásos tájékozott beleegyezést írt alá a vizsgálatba való belépés előtt. Harminckilenc beteget kizártak a vizsgálatból, mert nem estek át radikális műtéten vagy áttétes betegségben. A daganat és a beteg jellemzőit az 1a. Táblázat ismerteti.

Radiokirurgia

A kemoradioterápiát és a sebészeti kezeléseket másutt írták le (1b. Táblázat). 6, 20 Röviden: a betegek 10-18 MV lineáris gyorsítóval külső sugárterápiát kaptak. A klinikai céltérfogat magában foglalta az elsődleges daganatot a mesorectummal, a hólyag és a prosztata/hüvely hátsó falait és a belső kismedencei csomókat. Három vagy négy alakú meződobozos technikát alkalmaztak. 45-50,4 Gy sugárzási dózist adtunk be (az elemzéshez figyelembe vett időszakban alkalmazott egymást követő vizsgálati protokollok szerint), napi 1,8 Gy napi frakcionálással, heti 5 napon át.

A kemoterápia egy fluor-pirimidinből (főleg 5-fluorouracil (5-FU)) állt önmagában vagy más gyógyszerekkel (platina-származékok, irinotekán vagy gefitinib) kombinálva. A betegek egy részében 5-FU helyett Raltitrexedet alkalmaztak (1b. Táblázat). A preoperatív terápia eltérései összefüggtek a) a kezelés időtartamával (a vizsgálat első néhány évében az 5-FU bolus alacsony dózisú leukovorinnal és RT külső sugárral kombinálva, 45 Gy 25 frakcióban és később az 5-FU- Bolus alkalmazott). A FU-t folyamatos vénás infúzióval és külső sugárral adtuk be (RT, 50, 4 Gy 28 frakcióban); b) a betegek bevonása a prospektív klinikai vizsgálatokba.

A terápia hatékonyságának értékelése

A sebészeti beavatkozás radikális természetéről, valamint a daganatok, csomók és áttétek stádiumáról az amerikai rákdaganatok, csomók és áttétek vegyes bizottságának (TNM) osztályozása szerint számoltak be. 21 A megmaradt daganat teljes területét megvizsgálták hisztopatológiai vizsgálatra és hisztopatológiai tumor stádiumra sugárterápia (ypT) után. A mesorectalis műtéti peremállapotot és a nyirokcsomó változását a kóros jelentések ismertették. A preoperatív terápiára adott patológiás tumorválasz Mandard és munkatársai által leírt módszeren alapult. 22 nyelőcső carcinoma esetén: TRG-1, kóros teljes válasz; TRG-2, fibrózisban diszpergált maradék ráksejtek jelenléte; TRG-3, a maradék rákos sejtekből kinövő fibrózis; TRG-4, fibrózisból kinövő maradék rákos sejtek; és TRG-5, nincs regresszív változás.

Genotipizáló tesztek

A genomi DNS-t a perifériás vérből extraháltuk a High Pure PCR Template Preparation Kit (Roche Diagnostics GmbH, Mannheim), a Talent Kit (Talent, Trieszt, Olaszország), a QiaAmp DNS Mini Kit (Qiagen, Valencia, Kalifornia, USA) segítségével. DNeasy Tissue Kit (Qiagen) parafinba ágyazott tumorszövetből történő DNS-kivonásra 49 mintában. Pozitív kontrollokat vontunk be az elemzésekbe.

Piroszekvenálást (Biotage, Uppsala, Svédország) használtunk az alábbiak elemzésére: ABCB1 -3435C> T (rs1045642), ABCB1 -1236C> T (rs1128503), ABCC2 -24C> T (rs2273697), ABCC2 -1249G> A (rs7176, * B (rs3957357), RAD51-135G> C (rs1801320), hMLH1 -676A> G (rs1799977), hMSH2- GIVS12-6T> C (rs2303428), hOGG1 -1245C> G (rs1052133 T (rs4RC139) > T (rs1799782), ERCC2 -35931A> C (rs13181), ERCC2-23591G> A (rs1799793). A PCR-amplifikációkat Eppendorf Mastercycler gradiensben hajtottuk végre TaqGold DNS-polimerázzal (AB Applied Biosystems, Warrington, Egyesült Királyság). piroszekvenálási vizsgálatok, primer szekvenciák és PCR körülmények kérésre rendelkezésre állnak.

Az Applera TaqMan Universal Master Mix alkalmazásával előre megtervezett Taq Man SNP genotipizálási teszteket használtak az ABI 7900HT készüléken (AB Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) a gyártó utasításai szerint a következő SNP-k megkülönböztetésére: ERCC1 -8092C> A (rs3212986), ERCC1 -19007T> C (rs11615), XRCC1 -28152G> A (rs25487), XRCC3 -4541A> G (rs1799794), GSTP1-313A> G (rs947894), GSTP1 -5C> T (rs11894 -677C> ), MTHFR -1298A> C (rs1801131).

A GSTT1 és GSTM1 null genotípusokat és a TYMS 28bpVNTR-t (rs34743033) PCR-rel elemeztük agarózgél-elektroforézissel párosítva. 23, 24

A TYMS del6bp1494 (rs16430) elemzését PCR restrikciós fragmens hosszának polimorfizmusával végeztük. 24.

A haplotípus kiértékelését az 1.0 fázis alkalmazásával végeztük, amely elérhető az Asztma Kezelésének Farmakogenetikája weboldalon (http://www.pharmgat.org/).

Statisztikai analízis

A TRG asszociációja klinikai/demográfiai jellemzőkkel és csíravonal polimorfizmusokkal többváltozós elemzéssel

A logisztikus regressziós modell szerint a hOGG1 -1245C> G és az MTHFR -677C> T polimorfizmusok voltak szignifikáns prediktorok (P T a multivariáns elemzésben csak egy jelentéktelen asszociációs tendenciát tartott fenn a TRG-vel (P = 0,057) (7. táblázat).

A TRG asszociációja klinikai/demográfiai jellemzőkkel és csíravonal polimorfizmusokkal rekurzív partíciós elemzéssel

Rekurzív particionálást alkalmaztunk a gén-gén és a gén-környezet viszony további tisztázására a jó válaszadók (TRG gene2) és a nem válaszolók (TRG4) között. Az elemzés lehetővé tette a betegek 10 alcsoportjának azonosítását genotípusok és klinikai/demográfiai jellemzők szerint, különböző mértékű valószínűséggel a TRG TR2 kialakulásához (1. ábra). Az 1. ábrán minden mezőt "csomópontnak" hívunk, és a megfigyelések részhalmazát reprezentálja a teljes adatsorban. Mivel hiányzik egy adatelem a genotípus-kombinációból, a leánycsomópontokban megfigyelt összegek 186 helyett 186, a szülőcsomópontban megadottak szerint. Mindegyik (nem particionált) terminális csomópontot a marker genotípusok egyedi kombinációja azonosítja, és jelenteni kell azon betegek százalékos arányát, akiknél TRG2 fordul elő az egyes terminális csomópontokban.

végbélrákos

A marker kombináció CART ábrázolása, amely jelentősen megjósolja a TRG-t. A frakciók TRG = 1-2-es betegeket mutatnak a teljes betegek számához képest (a TRG = 3-as betegeket kizárták ebből a statisztikai elemzésből) és a zárójelben a TRG = 1-2 százalékot. Sötétszürke körök jelzik a végcsomópontokat, amelyeknél a TRG kockázat = 1-2; a világosszürke körök terminális csomópontokat képviselnek, közepes TRG kockázat = 1-2; A négyzetek az alacsony TRG kockázatú = 1–2 végpontokat jelölik.

A modellbe bevonták mind a 25 vizsgált csíra polimorfizmust, valamint a klinikai és demográfiai jellemzőket. A fa első csomópontját a hOGG1 polimorfizmus határozza meg, amely két csoportot különböztet meg: -1245CG vagy -1245GG és -1245CC. A hOGG1 -1245CG vagy -1245GG genotípusú betegeket tovább oszlik az ERCC1 -8092C alapján. -8092CA vagy -8092AA genotípusra adott válasz 31% -a). A hOGG1 -1245CC genotípusú betegeknél a többi megkülönböztető polimorfizmus az MTHFR -677C> T, ABCB1 -3435C> T, ERCC1 -8092C> A, XRCC1 -28152G> A, ABCC2 -1249G> A és XRCC3 -4541A> G. Es volt. kiderült, hogy a beteg neme diszkriminátorként is működik, a TRG2 nagyobb százaléka férfi betegekben fordul elő. A végcsomópontokat az esetek aránya alapján három kockázati csoportra osztották: az alacsony (az arány

Ebben a tanulmányban úgy döntöttünk, hogy hárompontos osztályozási rendszert (TRG TR2, TRG 3 és TRG4) alkalmazunk annak érdekében, hogy a betegeket a korábbi vizsgálatok szerint szignifikánsan eltérő prognózisú alcsoportokba osszuk. Két genetikai markernél szignifikáns különbséget találtak a jó (TRG gyenge2) és a rossz (TRG4) válaszadók között, míg az elemzett polimorfizmusok egyike sem tudta azonosítani a köztes TRG 3 válaszadókat, bár a három csoportban szignifikáns tendencia volt megfigyelhető χ 2 teszttel határoztuk meg. Ez a feltáró megállapítás támogathatja e betegek határhelyzetét akár hisztopatológiai, akár prognosztikai szempontból, bár további megerősítő vizsgálatok jobban tisztázhatják ezt a témát.

Összefoglalva, eredményeink azt jelezték, hogy útvonal-alapú poligenetikai vizsgálatokat kell végezni a komplex fenotípusokra gyakorolt ​​genetikai hatás, mint a kezelésre adott tumor válasz kiemelésére. Két, a DNS-helyreállítással (hOGG1) és a folátpályával (MTHFR) kapcsolatos polimorfizmus játszik fontos szerepet. Adataink azt is sugallják, hogy a végbélrákos betegeknél a pCRT-re adott tumor válasz értékelésekor figyelembe kell venni a magasabb rendű interakciók hatásait. Az a képesség, hogy azonosítsa a különböző reakció esélyekkel rendelkező betegeket, segíthet a klinikusoknak a terápia kiigazításában, konzervatívabb eljárások, például lokális kivágás, nem pedig radikális műtét segítségével. Ez különösen fontos probléma a rektális rákos pCRT esetében, mivel a kezelés egyértelmű előnyét jelenleg korlátozza a betegek nagy változékonysága.