Az ázsiai májpelyhes genom szekvenálása interjú M-mel
Jogi nyilatkozat: Ez az oldal az oldal eredeti fordításának eredeti fordítása. Felhívjuk figyelmét, hogy mivel a fordításokat géppel generálják, nem minden fordítás lesz tökéletes. Ezt a weboldalt és weblapjait angol nyelven kívánják olvasni. A webhely és weboldalainak fordítása részben vagy egészben pontatlan és pontatlan lehet. Ezt a fordítást egy gyakorlat biztosítja.
Tudna röviden bemutatni az ázsiai májréteget, Opisthorchis viverrini ? Hogyan fertőzi meg ez a parazita az embereket ?
Opisthorchis viverrini parazita laposféreg (vagy májbogár), amely Thaiföldön, a Laoszi Népi Demokratikus Köztársaságban, Vietnamban és Kambodzsában endemikus. Az emberek megfertőződnek ezzel a parazitával, amikor egy alufőttet fogyasztanak alufőzött édesvízi halakban /.
Miután megette, a lárva stádium az emberi fő epeútba kerül, ahol felnőtté fejlődik, amely több évig a fő epeútban marad. A felnőttek a székleten átjutó, édesvízbe jutó petéket termelik, amelyeket egy vízi csiga gazdája fogyaszt el.
A csiga belsejében ezek a paraziták disszidált stádiumban fejlődnek, ami az édesvízi halak izomzatában hagyja a csigát és a sejteket, befejezve összetett életciklusukat.
A jelenlegi becslések szerint csaknem 10 millió ember fertőzött ezekkel a parazitákkal Délkelet-Ázsiában.
A fő epevezetékben emberi opisthorchiasis alakul ki, viverrini az O-ból., megnagyobbodott májval, cholagogue gyulladással és az epevezeték rákjával kapcsolatos betegség (cholangiocarcinoma; Contamination control zone), az epefa fatális rákja, nagyon rossz prognózisú.
Hozzájárul-e ez a parazita az epevezeték rákjához? ?
Opisthorchis viverrini osztályba sorolták. Még mindig nem ismerjük a pontos mechanizmusokat, bár a kutatók úgy vélik, hogy számos tényező járul hozzá a rák kialakulásához.
Például a parazitákkal táplált és/vagy patchworkhez kapcsolt sejtkárosodás vagy sejthalál okozta gazdagyulladás feltehetően hozzájárul a karcinogenezishez.
Sőt, a legfrissebb bizonyítékok arra utalnak, hogy a viverrini az O-ból. olyan fehérjéket választanak ki, amelyek közvetlenül elősegítik a sejtek növekedését és a tumor fejlődését.
Egy másik tényező, amelyről feltételezik, hogy hozzájárul a tumorgenezishez, az a nitrogénaminokban gazdag étrend, az I. osztályú erős emberi rákkeltő étrend által okozott DNS-károsodás. Ezek a tényezők együttesen "tökéletes vihart" eredményeznek. Az emberi primer epe, amely magas epevezeték rák előfordulása.
Nemrég jelentették be, hogy az ázsiai feszített lepényhal genomját szekvenálták. Mit gondolt ez ?
Nemzetközi csapat, amely parazitológusokat és genomikai szakértőket tartalmaz a Melbourne-i Egyetemen (Ausztrália), a Szingapúri Genom Intézetben (Szingapúr), a Khon Kaen Egyetemen (Thaiföld) és a Pekingi Genomikai Intézetben (Kína), részt vett a genom szekvenálásában és feljegyzésében.
Először genomi DNS-t nyertünk ki viverrini az O-ból. és nagy áteresztőképességű szekvenáló gépeket használtak a genom 60-szoros lefedettségének előállítására kis szekvencia-sorozatként. Ezeket a kis szilánkokat azután genom állványokba rakták. Ezekben a nagyméretű genom állványokban minden gén régiót azonosítottak és jegyzeteltek.
Ezután számos eszközt alkalmaztak az egyes gének működésének előrejelzésére viverrini az O-ból., ideértve az anyagcseréhez kapcsolódó főbb molekulákat és azok időhöz való alkalmazkodását az emberi fő epeutakban.
Melyek voltak az eddigi legnagyobb parazita féreggenom jellemzésének fő kihívásai ?
A szignifikáns kihívás nagyszámú ismétlődő elem jelenléte volt, amely az egész DNS genomi DNS-ében megtalálható viverrini az O-ból.
Például a genom mindössze 3,4% -a tartalmazta az információs fehérjéket kódoló genetikát. Ezzel szemben a genom több mint 30% -a tartalmazta a jelenlegi ismétlődő elemeket a genom egynél több helyén. Ez a jelzett készlet provokatív volt.
Szerencsére használhattuk az új szoftvert (az úgynevezett Opera), amelyet munkatársaink fejlesztettek ki a szingapúri Genomikai Intézetben.
Az opera felhasználásával kiváló minőségű projektgenomot készítettünk, amelyet a hangolt gén funkcionális jegyzeteléséhez használtunk, és a parazita fő molekuláris biológiájában elengedhetetlen elemzéseket kaptunk, beleértve az alapvető útvonalak azonosítását a féreg-gazda interakciókban.
Milyen elemzést nyújt ez a tanulmány arról, hogy a lepényhal mennyire él túl az emberi fő epeútban ?
Vizsgálatunk kimutatta, hogy ezek a paraziták nagymértékben alkalmazkodtak ahhoz, hogy a fő epevezetékben tartsanak, ami akár 10 évig is megtelepedhetett a fő epevezetékben.
Például a viverrini az O-ból. alkalmazkodik a túléléshez alacsony oxigéntartalmú környezetben, és szakértője a káros vegyületek méregtelenítésének, például a lipidperoxidáció során az epébe felszabaduló oxigén szabad gyököknek.
Ezeknek a parazitáknak az anyagcsere-profiljai alkalmazkodást javasolnak a lipidekben és komplex fehérjékben gazdag epithelsejtekre és/vagy epekomponensekre táplálásra. A gazda immunválaszának elkerülése szintén fontos ezeknek a parazitáknak, különösen akkor, ha a gyulladás az etetés és/vagy az összeállítás által okozott sejtkárosodást követi. Adataink azt mutatják, hogy számos szekretált molekula képes módosítani a gazdaszervezet immunválaszát.