A glycoptern és a maackia amurensis szérum lektin-ii-kötő glikoproteinjei

amurensis

  • Témák
  • Absztrakt
  • bevezetés
  • Eredmények
  • A glycopattern megváltozása az ASD szérumában a TD-vel szemben
  • Az MBG-k azonosítása
  • Gén ontológia MBG elemzés
  • A fehérje interakciós hálózat és a KEGG útvonalak elemzése
  • MBG Sequence Pattern Preference
  • MBG expresszió és szialoglikoziláció egyedi szérummintákban
  • Vita
  • Anyagok és metódusok
  • Tanulmány jóváhagyása
  • Témák
  • Mintagyűjtés és előkészítés
  • Lektin Microarray és adatelemzés
  • Szérum mikrorajzolás és adatelemzés
  • MBG-k izolálása és emésztése
  • LC-MS/MS elemzés
  • Címke nélküli relatív mennyiségi meghatározás spektrális index számítással
  • Adatbányászat és bioinformatika
  • Lektin/gliko-antitest mikrorajzok és adatelemzés
  • További információ
  • További információ
  • PDF fájlok
  • További információ
  • Excel fájlok
  • Kiegészítő táblázatok
  • Hozzászólások

Témák

  • Autizmus spektrum rendellenességek
  • Biomarkerek
  • Glycomics

Absztrakt

A proteomikai eszközök nagyszabású, automatizált, technológián alapuló vizsgálati módot tesznek lehetővé, amely meghatározhatja az adott testfolyadék teljes proteomját a jelölt molekulák előzetes feltételezése nélkül 12. Ez alapján összesen öt peptidkomponens, amely megfelel négy ismert fehérjének [Apolipoprotein (apo) B-100, H-komplement faktorhoz kötött fehérje (FHR1), C1q komplement és Fibronectin 1 (FN1)], fontosabbnak bizonyult az autizmus szempontjából versus parancsok 13. A potenciális biomarkerek három csúcsa körülbelül 4, 40, 5, 15 és 10, 38 kDa m/z arányokat mutatott, amelyek szignifikánsan megkülönböztették a TSA mintát a kontroll csoporttól, amikor teljes fehérjéket elemeztek, nem pedig peptideket triptichollal történő emésztés után. .

Teljes méretű kép

Eredmények

A glycopattern megváltozása az ASD szérumában a TD-vel szemben

A lektin mikroraya szerkezetét és a szérum glikoproteinek eredő glikoproteinjeit, amelyeket az ASD és TD csoporthoz a mikrorangok határoznak meg, az 1. és 2. ábra szemlélteti. 2A, B. Az eredeti adatokat hierarchikus klaszterelemzés céljából importáltuk az EXPANDER 6.0 programba (2C. Ábra). A normalizált fluoreszcencia intenzitásokat (NFI) és a cukor kötési specifitásokat a két csoport 37 lektinjének mindegyikére az S1 táblázat foglalja össze. A differenciálanalízis eredményeként öt lektin mutatott szignifikáns különbségeket az ASD és az ASD csoport között. A MAL-II (Siaα2-3 Gal/GalNAc) és a MAL-I (Siaα2-3Galβ-1, 4GlcNAc és Galβ-1, 4GlcNAc) mutatta a legjelentősebben megnövekedett NFI-t (variációs faktor = 3, 33 és 2, 20, p

( NÁL NÉL ) A lektin mikrochip elrendezése. ( ) A TD3-ból és az ASD-ből származó Cy3-jelölt szérumfehérjék képei lektin-chipekhez kötöttek. A fluoreszkáló képeket 70% -os fényszorzó csővel és 100% lézer teljesítmény beállítással szkennelték egy Genepix 40 00B konfokális szkennerrel. A diának három replikált lektin táblával ellátott része látható. A lektinek jelentős különbségeket mutattak, fehér dobozokkal jelölve. ( VS ) Az NFI hierarchikus osztályozása a TD-1 37 lektinjére vonatkozóan

5. A mintákat oszlopokban, a lektineket sorokban soroljuk fel. Az egyes négyzetek színe és intenzitása jelzi az expresszió szintjét a sor többi adatához viszonyítva. Piros, magas; zöld, alacsony; fekete, közepes. A sárga és kék négyzetek magasabb és alacsonyabb lektinkötési intenzitást jeleznek a TSA-ban, szemben a TD szérumokkal. ( D ) Az NFI differenciálanalízise a TD-1 öt lektinjére

Teljes méretű kép

Gén ontológia MBG elemzés

A fehérje interakciós hálózat és a KEGG útvonalak elemzése

Az azonosított MBG-k közül összesen 184-et jegyzeteltek a DAVID Bioinformatikai erőforrásokban (6.7 verzió). Ezeket az MBG-ket 6 KEGG-sávon térképeztük fel, ahol a számlálási küszöbérték ≥5 volt, és 30-as p-értéket azonosítottunk (S1. Kiegészítő ábra). Összehasonlítottuk a környező aszparagin maradékok helyzetére jellemző aminosav-frekvenciákat (mindkét végén 13 aminosav), és az [AVH] [KR] xNxxNxSxxxY mintát (ahol "x" bármely maradékot jelöl, [AVH] és [KR] jelentése több aminosavmaradékot, amelyek valószínűleg megjelennek a helyzetükben, és a golyópont egy lehetséges glikozitot jelez) azonosították az aszparagin körüli N-glikozilezés lehetséges mintázataként (3G. ábra). Érdekes módon az xxxxxxQSDxxYK és xxxxxxHHGSxSGx motívumok jelentősen felülreprezentáltak (növekedés = 81, 62 és 67, 07) az MBG-adatokban (3G ábra), amelyek 0-kapcsolt glikozilációs motívumokat reprezentálhatnak a glikopeptid domén szerinmaradványai körül. kapcsolódik az α2-3-hoz. Az O-glikozitok MBG-kben történő további megerősítéséhez azonban további vizsgálatokra van szükség.

MBG expresszió és szialoglikoziláció egyedi szérummintákban

Western-blotot alkalmaztunk a C8B, a szerotranszferrin (TF), a C1QA és az APOD expressziójának ellenőrzésére az egyes szérummintákban. Ennek eredményeként a C8B és TF expressziója nőtt, és a C1Q expressziója csökkent négy tesztelt TSA mintában négy TD mintához képest, ami megfelelt az MS eredményeknek (4A. Ábra). Az APOD expressziója azonban nem különbözött szignifikánsan a TD és az ASD minták között (4A. Ábra). Az LGAM-okat a C8B, TF, C1QA és APOD α2-3-hoz kapcsolódó szialoglikozilezésének kimutatására terveztük 15 egyedi TD és 15 ASD szérummintában (4B. Ábra). Ezért két csoport között nem észleltünk szignifikáns különbséget a C8B, TF és C1QA szialoglikozilációban. Az APOD α2-3 sziikolikozilációja azonban szignifikánsan megnőtt a TSA mintákban a TD mintákhoz képest (p = 0,004) (4C. Ábra). A ROC görbe elemzéséből kiderült, hogy a szialoglikozilezett α2-3 APOD szérumszintje 0,88 AUC-t adott, az ASD-t 86,7% -os specificitással és 80,6% -os érzékenységgel különböztették meg az ASD-től a TD-től (4D ábra).